Escritor y estudioso tan prolífico como polifacético nacido en Madrid el 23 de septiembre de 1875. Fue catedrático de filosofía, especialista en derecho mercantil, editor de numerosos textos literarios, e historiador de la filosofía española. En 1896, con sólo 21 años, se doctoró en Derecho y en Filosofía. En 1898 fue nombrado Secretario primero de la Sección de Ciencias Morales y Políticas del Ateneo de Madrid; y a principios de 1900 inició una fecunda relación de amistad con Marcelino Menéndez Pelayo (de la edició de cuyas Obras completas fue el impulsor), que prologó en 1901 su traducción anotada de la Historia de la Literatura Española, desde los orígenes hasta el año 1900, de Jaime Fitzmaurice-Kelly. De esta colaboración nació una larga serie de ediciones de clásicos españoles cuidada por Bonilla, quien en 1903 publicó un ambiciosos estudio sobre Luis Vives y la filosofía del Renacimiento y obtuvo ese mismo año la Cátedra de Derecho Mercantil de la Universidad de Valencia, y poco tiempo después la de Historia de la Filosofía en la Universidad Central de Madrid. Entre 1907 y 1908 publicó una monumental edición de libros de caballería (Madrid, Bailly-Bailliére, Nueva Biblioteca de Autores Españoles), y entre 1908 y 1911 una Historia de la Filosofía Español (desde los tiempos primitivos hasta el siglo XII). En 1910 había iniciado la Colección de filósofos españoles y extranjeros (sintió particular afición por Schopenhauer), y formado parte del tribunal que concedió a José Ortega y Gasset la cátedra de Metafísica de la Universidad de Madrid. En 1911 ingresó en la Real Academia de la Historia con un Discurso sobre Fernando de Córdoba y los orígenes del Renacimiento en España, al que respondió Marcelino Menéndez Pelayo. En 1914 iniciaría su colaboración con el hispanista norteamericano Rodolfo Schevill para publicar las Obras completas de Cervantes. En abril de 1924 emprendió un largo viaje alrededor del mundo (Estados Unidos, Hawai, Japón, China, India y Egipto), y al año siguiente contrajo matrimonio, pero a partir de ese viaje y de otro a La Habana (mayo de 1925), como embajador extraordinario nombrado por el dictador Primo de Rivera, su salud se deterioró. Murió el 17 de enero de 1926, cuando contaba poco más de cincuenta años.