Nació en Valladolid en octubre de 1543, segundo hijo de Diego Gracián de Alderete, miembro de una familia de raíces humanísticas y de Juana Dantisco, hija natural de Juan de Curiis, embajador polaco ante Carlos V, que gozó de la admiración y la amistad entre otros de Santa Teresa. El apellido Dantisco (o de Antisco o d'Antisco como a veces aparece) hace referencia a su ciudad de origen, Dantzig. Estudió cánones en la Universidad de Alcalá, aunque no consta que llegara a graduarse, renunciando más tarde al estado eclesiástico. Se casó en 1576 con Juana Carrillo, dama toledana de noble familia. Vivió en Madrid, donde ejerció como notario y realizando esporádicamente encargos para la corte. Destaca su labor como censor de libros, que queda reflejada en las Aprobaciones de muchos libros, entre ellos algunas traducciones del italiano (las «Horas de Recreación» de Ludovico Guicciardini o la «Jerusalem» de Torquato Tasso). En el mismo año 1576 sucede a su hermano en el cargo de bibliotecario del la nueva Biblioteca de San Lorenzo del Escorial, siendo encargado de "intitular e inventariar" los libros que se incorporaban a ella.